Kemudian dibentuklah tim yang mempersiapkan berdirinya FTP UGM yang bertugas antara lain mendefinisikan teknologi pertanian, menyusun kurikulum, menetapkan tenaga pengajar, dan mengiventarisasi mahasiswa. Organ di lingkungan Fakultas Pertanian dan Kehutanan UGM yang bergabung menjadi Fakultas Teknologi Pertanian UGM adalah Jurusan Teknologi Pertanian dengan seksi-seksinya dan Jurusan Kultur Teknik dengan seksi-seksinya. Seksi Biokimia di Fakultas Pertanian dan Kehutanan UGM saat itu tidak bergabung dengan Fakultas Teknologi Pertanian.
Demikianlah persiapan pendirian Fakutas Teknologi Pertanian UGM yang dilakukan oleh tim yang terdiri atas Ir. Kamarijani, Ir. Soenjoto Soemodihardjo, Ir. Moch. Adnan, Ir. Hendro Pawoko Sajid, Ir. Soeharsono Martoharsono, Ir. Amien Hidayat, Ir. Hardiman, Ir. Moch. Roesdi, Ir. Soemangat, Ir. Pratjojo, Ir. Salam, Ir. Soenarto Pronohadiprodjo dan Ir. Pamudji *). Pada tanggal 6 Februari 1966, Fakultas Teknologi Pertanian UGM untuk pertama kalinya meluluskan sarjana.
Sistem pengorganisasian strukturalnya berkembang dari waktu ke waktu sejalan dengan kebijakan dan ketentuan pemerintah. Awalnya Fakultas Teknologi Pertanian UGM terdiri atas dua Bagian, yaitu Bagian Teknologi Pertanian dan Bagian Mekanisasi Pertanian. Bagian Teknologi Pertanian mempunyai lima jurusan yaitu Jurusan Teknologi Bahan Dasar dan Baku, Jurusan Teknologi Sayuran dan Buah-buahan, Jurusan Teknologi Bahan Hewani, Jurusan Mikrobiologi Industri, dan Jurusan Teknologi Bahan Makanan lainnya. Bagian Mekanisasi Pertanian mempunyai dua jurusan yaitu Jurusan Pengawetan Tanah dan Tata Air, dan Jurusan Alat-alat dan Mesin-mesin Pertanian.
Pada tahun 1967 dilakukan perubahan nama Jurusan. Bagian Teknologi Pertanian mempunyai empat jurusan yaitu Jurusan Teknologi Tanaman Keras, Jurusan Teknologi Tanaman Muda, Jurusan Teknologi Hasil Hewani, dan Jurusan Industri Mikrobiologi. Bagian Mekanisasi Pertanian mempunyai dua jurusan yaitu Jurusan Pengawetan Tanah dan Tata Air, dan Jurusan Daya dan Mesin-mesin Pertanian. Pada tahun 1978 Bagian Teknologi Pertanian diubah namanya menjadi Bagian Pengolahan Hasil Pertanian sedang Bagian Mekanisasi Pertanian tetap seperti semula. Jurusan- jurusan pada masing-masing bagian dihilangkan sejalan dengan berlakunya pelaksanaan pendidikan dengan sistem kredit.
Sesuai dengan PP. 5 tahun 1980 istilah Bagian diganti dengan Jurusan, maka pada tahun 1980 Fakultas Teknologi Pertanian UGM mempunyai dua jurusan, yaitu Jurusan Pengolahan Hasil Pertanian dan Jurusan Mekanisasi Pertanian. Pada tahun 1986 dibuka jurusan baru, yaitu Jurusan Teknologi Industri Pertanian, dan pada tahun 1995 Jurusan Pengolahan Hasil Pertanian diubah namanya menjadi Jurusan Teknologi Pengolahan Hasil Pertanian. Pada bulan Januari 2002 dengan SK Rektor UGM No. 18/P/SK/HKTL/2000 tanggal 11 Januari 2002 Jurusan Teknologi Pengolahan Hasil Pertanian diubah namanya menjadi Jurusan Teknologi Pangan dan Hasil Pertanian.
Awalnya Gedung Fakultas Teknologi Pertanian UGM terletak di SEKIP Jl. C. Simanjuntak Yogyakarta, satu lokasi dan satu gedung dengan Fakultas Pertanian UGM dan Fakultas Kehutanan UGM. Pada waktu itu Fakultas Teknologi Pertanian UGM hanya memiliki empat ruang yang digunakan sebagai laboratorium, sedangkan bengkel Mekanisasi Pertanian terletak di Bulaksumur di dekat Gedung Pusat UGM. Laboratorium-laboratorium tersebut digunakan untuk berbagai macam pelaksanaan praktikum mahasiswa dan penelitian. Kegiatan kuliah pada waktu itu masih dilaksanakan di gedung bersama. Beberapa mata kuliah dilaksanakan bersama-sama dengan Fakultas Pertanian UGM maupun Fakultas Kehutanan UGM. Beberapa praktikum dilaksanakan di Dalem Mangkubumen Ngasem seperti praktikum Botani, Zoologi, Kimia Anorganik, dan Kimia Organik, dan di salah satu bangunan milik UGM di Pingit untuk praktikum Mineralogi.
Pada tahun 1967 lokasi Fakultas Teknologi Pertanian UGM pindah menempati sebuah bangunan yang terletak di Karangmalang (sekarang Universitas Negeri Yogyakarta). Bangunan tersebut hanya digunakan untuk pengurus fakultas dan tata usaha, sedangkan perkuliahan dan pelaksanaan praktikum masih dilaksanakan ditempat semula.
Pada tahun 1968, lokasi fakultas pindah lagi ke gedung baru di Bulaksumur, di sebelah timur Gedung Pusat Administrasi UGM, lokasi yang sekarang digunakan. Pada awalnya gedung di Bulaksumur hanya terdiri atas beberapa ruang saja, dan hanya digunakan untuk pengurus fakultas, dan tata usaha. Beberapa ruang digunakan untuk laboratorium, dan perkuliahan. Bangunan tersebut secara bertahap diperluas dengan tambahan ruangan untuk perpustakaan, ruangan tata usaha, biro pengajaran, keuangan, perlengkapan, kantor Dekan dan Pembantu Dekan, laboratorium (Lab. Kimia & Biokimia Pengolahan), pilot-plant, dan ruang kuliah.
Pada tahun 1986, Fakultas Teknologi Pertanian UGM mendapat tambahan gedung baru dengan luasan kurang lebih 2000 m2 terdiri atas dua unit masing-masing berlantai dua dan tiga dan sejak saat itu tidak lagi menggunakan gedung-gedung lain untuk kegiatan pendidikan dan administrasi. Pada tahun 1993 mendapat lagi tambahan gedung baru berlantai tiga bekas gedung perkuliahan Fakultas Non Gelar Teknologi. Dengan demikian Fakultas Teknologi Pertanian UGM mempunyai beberapa bangunan gedung yang terdiri atas lima unit yaitu Unit I (satu lantai), Unit II (satu lantai), Unit III (dua lantai), dan Unit IV (tiga lantai) dan Unit V (tiga lantai). Gedung unit I dan II mulai bulan September 2000 dibongkar dan diganti dengan gedung baru berlantai enam atas pinjaman lunak dari OECF. Gedung baru tersebut menggantikan fungsi gedung lama, yaitu untuk laboratorium, ruang kuliah dan ujian, ruang seminar, perkantoran, perpustakaan dan lain-lain. Peletakan batu pertama pembangunan gedung itu sudah dilakukan oleh Rektor UGM tanggal 6 Juni 2001 dan mulai digunakan pada permulaan tahun akademik, September 2003/2004.
Pada awal pendirian Fakultas Teknologi Pertanian UGM, kurikulum menggunakan sistem paket, sedangkan sistem pendidikannya dilaksanakan dalam tiga tahap. Tahap pertama memerlukan waktu 1 (satu) tahun. Tahap ini dinamakan tingkat atau pendidikan “propadeuse” dan mahasiswa yang lulus tingkat ini boleh mengikuti tahap berikutnya serta mendapat ijazah propadeuse tanpa gelar, sedangkan yang tidak lulus harus mengulang. Tahap kedua memerlukan waktu 2 (dua) tahun dan disebut tingkat atau pendidikan Bakaloreat. Mahasiswa yang lulus tahap ini boleh mengikuti tahap berikutnya dan mendapat ijazah bakaloreat serta berhak menggunakan gelar “B.Sc.”. Tahap ketiga memerlukan waktu 2 (dua) tahun dan disebut sebagai tingkat doktoral. Mahasiswa yang lulus tingkat ini dinyatakan selesai studinya di Fakultas Teknologi Pertanian UGM, dan mendapat ijazah doktoral serta berhak menggunakan gelar “Ir” (insinyur). Pendidikan doktoral juga diperkenankan untuk menempuh pendidikan lanjut seperti pendidikan master atau pendidikan doktor. Sistem pendidikan tersebut menggunakan cara penilaian absolut dan tertutup untuk mengevaluasi keberhasilan studi (kelulusan) mahasiswa. Seorang mahasiswa hanya dapat mengetahui dirinya “lulus” atau “tidak lulus” dalam ujian suatu mata kuliah tanpa mengetahui nilainya. Sistem ini berlangsung sampai tahun ajaran 1977/1978.
Pada tahun 1978/1979 terjadi perubahan sistem dan pelaksanaan pendidikan dengan diberlakukannya sistem kredit. Pendidikan di Fakultas Teknologi Pertanian UGM yang semula menggunakan kurikulum 5 (lima) tahun diganti dengan kurikulum 4 (empat) tahun dan dinamakan pendidikan stratum satu (S-1). Tingkat atau tahapan pendidikan dihapuskan sehingga tidak ada lagi pendidikan propadeuse, pendidikan bakaloreat, maupun pendidikan doktoral. Pendidikan tidak lagi diselenggarakan dengan sistem paket tetapi dengan sistem kredit. Mahasiswa diberikan keleluasaan dalam menentukan mata kuliah yang akan diikuti di antara mata kuliah mata kuliah yang ditawarkan. Cara penilaian hasil pembelajaran menggunakan huruf-huruf A, B, C, D, dan E untuk memberikan nilai baik sekali, baik, cukup, kurang, atau gagal. Penilaian juga dilakukan secara terbuka. Mahasiswa dinyatakan selesai studinya jika telah menempuh minimal 160 satuan kredit semester dengan Indeks Prestasi tertentu (2,0). Gelar yang diperoleh adalah “Ir”. Kurikulum pada sistem kredit ini dikembangkan dalam beberapa bidang spesialisasi. Kurikulum Bagian Pengolahan Hasil Pertanian dibagi menjadi dua bidang spesialisasi, yaitu spesialisasi Ilmu dan Teknologi Pangan, dan spesialisasi Teknologi Perkebunan. Kurikulum Bagian Mekanisasi Pertanian dibagi menjadi 3 (tiga) spesialisasi, yaitu spesialisasi Daya dan Mesin Pertanian, Teknik Pengolahan Hasil Pertanian, dan Teknik Pengawetan Tanah dan Tata Air. Lama studi dibatasi maksimum 9 tahun. Mahasiswa yang tidak dapat menyelesaikan studinya dalam waktu (maksimum) 9 tahun dikeluarkan dari Fakultas Teknologi Pertanian.
Pada tahun 1983, bidang spesialisasi dihilangkan dan diganti dengan Program Studi yang pada intiya adalah sama dengan spesialisasi. Kurikulum Jurusan Pengolahan Hasil Pertanian terdiri atas Program Studi Teknologi Pangan dan Gizi, Program Studi Teknologi Pengolahan Hasil Pertanian, dan Program Studi Bioteknologi Pangan. Kurikulum Jurusan Mekanisasi Pertanian mempunyai Program Studi Daya dan Mesin Pertanian, dan Program Studi Teknik Tanah dan Air. Jurusan Teknologi Industri Pertanian yang dibuka pada tahun 1986, kurikulumnya hanya terdiri atas satu program studi, yaitu Program Studi Teknologi Industri Pertanian. Munculnya kurikulum dengan program studinya pada saat itu belum secara tegas membedakan Jurusan dengan Program Studi. Baru kemudian pada tahun 1989 dilakukan pembenahan pelaksanaan pendidikan. Jumlah SKS untuk menyelesaikan pendidikan S-1 di Fakultas Teknologi Pertanian UGM diturunkan menjadi sekitar 140 – 150 SKS saja. Gelar Ir. diganti dengan Sarjana Teknologi Pertanian (STP) dan pembedaan Jurusan dan Program Studi dipertegas. Jurusan adalah unsur pelaksana akademik pada fakultas, yang melaksanakan pendidikan akademik dan/atau profesional dalam sebagian atau satu cabang ilmu pengetahuan atau teknologi, sementara Program Studi adalah bidang studi dalam cabang ilmu pengetahuan atau teknologi tertentu untuk memperoleh keahlian tertentu. Masing-masing jurusan mengelola satu program studi. Jurusan Teknologi Pangan dan Hasil Pertanian dengan Program Studi Pangan dan Gizi, Jurusan Mekanisasi Pertanian dengan Program Studi Mekanisasi Pertanian, dan Jurusan Teknologi Industri Pertanian dengan Program Studi Teknologi Industri Pertanian.
Dengan berlakunya Kurikulum Nasional (Kurnas) 1992, Program Studi Pangan dan Gizi di Jurusan Pengolahan Hasil Pertanian berubah menjadi Program Studi Pengolahan Hasil Pertanian. Perubahan terjadi lagi dengan berlakunya Kurnas 1996. Jurusan Teknologi Pengolahan Hasil Pertanian berubah menjadi Program Studi Teknologi Hasil Pertanian, Jurusan Teknik Pertanian menjadi Program Studi Teknik Pertanian yang mempunyai tiga minat yaitu minat Teknik Produk Pertanian, minat Daya dan Mesin Pertanian, dan minat Teknik Sumber Daya Alam Pertanian, sedangkan Program Studi di Jurusan Teknologi Industri Pertanian dengan Program Studi yang tidak berubah.
Pada bulan Februari 2002 Program Studi Teknologi Hasil Pertanian berubah namanya menjadi Program Studi Teknologi Pangan dan Hasil Pertanian. Sementara nama kedua program studi yang lain tetap. Pada tahun 2002, terjadi perubahan kurikulum dari Kurikulum 1996 mejadi Kurikulum 2002, dimana syarat kelulusan untuk menjadi sarjana (S-1) adalah 144 – 160 sks.
Berdasarkan SK Rektor UGM No. 22/P/SK/HT/2006 tertanggal 26 Januari 2006, tentang panduan penyusunan kurikulum program studi jenjang sarjana, kurikulum yang ada pada semua program studi jenjang S-1 pada September 2006/2007 dirubah menjadi Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK). Paradigma sistem pembelajaran dirubah dari Teacher Centered Learning (TCL) menjadi Student Centered Learning (SCL) dimana pembelajaran tidak lagi berpusat kepada dosen semata-mata, tetapi beralih kepada pembelajaran yang berpusat kepada mahasiswa, dimana siswa harus lebih aktif sebagai seorang pembelajar yang dipandu dan difasilitasi oleh dosen sebagai mitra dalam mencari dan mengembangkan ilmu pengetahuan. Keberlakuan Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK) dipertegas dengan beberapa penyempurnaan melalui SK Rektor UGM No. 581/P/SK/HT/2010 tanggal 1 Oktober 2010 tentang panduan umum penyusunan kurikulum 2010 program studi jenjang sarjana di Universitas Gadjah Mada.
*) Sebagian dari para tokoh tersebut adalah dosen Fakultas Teknologi Pertanian UGM, dan telah mendapatkan tambahan gelar seiring dengan perjalanan waktu dan kariernya. Mereka adalah Prof. Ir. Kamarijani (alm), Prof.Ir. Soenjoto Soemodihardjo (alm.), Prof. Dr. Ir. Moch Adnan, M.Sc. (alm), Ir. Hendro Pawoko Sajid (alm.), Ir. Soeharsono Martoharsono (alm), Ir. Hardiman, M.Sc. (alm), Ir. Moch. Roesdi (pensiun), dan Ir. Soemangat, M.Sc. (pensiun).